医院污水的特点类似于生活污水，水质、水量波动较大。污水主要来自门诊、病房、化验室、制剂、手术室、注射室、洗衣房等。因此，医院污水除含有有机污染物、氨氮、表面活性剂等污染物外，还含有病菌、病毒和寄生虫卵等。此外，医院某些科室还产生同位素治疗和诊断放射性废水，必须单独收集先排放至衰变池处理后方可排入综合污水处理系统。医院的各种特殊排水，如含重金属废水、含油废水、洗印废水等也应单独收集，分别采取不同的预处理措施后排入医院污水处理系统。如厨房污水属含油废水，应事先隔油预处理。

医疗废水主体处理工艺主要采用AO工艺，前段预处理调节后，进入厌氧水解，进一步采用曝气氧化降解有机污染物，氧化工艺可选择普通氧化，也可采用接触式氧化以及MBR工艺，保证出水水质达标。医疗废水排放的一个重要要求是各类病毒病菌要严格达到标准，因此放流水需强化消毒，其目的是杀灭污水中的各种致病菌。医院污水消毒常用的消毒工艺有氯消毒(如氯气、二氧化氯、次氯酸钠)、氧化剂消毒(如臭氧、过氧乙酸)、辐射消毒(如紫外线、γ射线)。下表对常用的氯消毒、臭氧消毒、二氧化氯消毒、次氯酸钠消毒和紫外线消毒法的优缺点进行了归纳和比较。